Pláč svatého Šebestiána je zamýšlen jako hraný historický film s baladickými rysy. Odehrává se roku 1348, kdy se Evropa potýkala s dosud největší morovou epidemií. Záměrem díla je usilovat o co nejautentičtější zpodobnění středověku a vytvořit specifický symbolický prostor, v němž budou představy, sny a kulturní archetypy stejně hmatatelné jako bytosti a předměty. Přispěje k tomu i specifické zasazení děje do dvou prostředí: tvrze v první polovině snímku a lesa v polovině druhé. Tvrz představuje pravidla a jistotu, les naopak labyrint, nejistotu a neustále přítomné nebezpečí.
Mor ve filmu funguje jako zdroj ohrožení, které vytváří mezní situace. Vlastním tématem snímku je (zvláště dnes aktuální) rasová a náboženská nesnášenlivost, především ale nenávist vnímaná jako stav, v němž lidé ničí sami sebe. Perspektiva filmu není dána politicky ani společensky. Na problematiku nesnášenlivosti tvůrci pohlíží jako na otázku spjatou s každým člověkem. Hrdinové proto podstupují cestu jednak fyzicky, jednak duchovně, kdy vnější skutečnost splývá s vnitřní a svět se ve výsledku stává odrazem lidského nitra. Záměrem autorů je v rozporu s dnes převažující tendencí k dialogičnosti a doslovnosti vytvořit prostor k obrazovému vyprávění, k bezeslovnému vyjadřování emocí a vnitřních hnutí.
Dramatický střet se soustředí zejména na dva příslušníky nižší šlechty, hradního pána Siegfrieda a rytíře ve službách biskupa jménem Gottfried. Siegfried je racionálně založený a na základě svého přesvědčení odmítá přijmout pronásledování židů jako projev nesmyslného barbarství. Gottfried naopak fanaticky plní rozkazy svého pána. Vlivem dramatických události však obě postavy své výchozí postoje přehodnocují. Siegfried se pro vlastní pohanu stane nesmiřitelným vykonavatelem msty, zatímco Gottfried podstupuje cestu k prozření. Film tedy nepředkládá jednoznačné typy a neumožňuje snadnou kategorizaci postav podle zjednodušujících morálních kritérií.
Součástí uměleckého záměru je důrazné akcentování nejednoznačnosti hlavních i vedlejších postav, z nichž každá zastává specifický životní postoj a projevuje se rozporuplným chováním. Proto je jedním z určujících rysů snímku jeho kompoziční rozdělení na dvě části, které se liší perspektivou vyprávění. První částí filmu procházíme spolu s postavou Siegfrieda a jeho blízkými, ve druhé části se však pohled od tohoto hrdiny odpoutá a zaujme perspektivu jeho protivníků.
